1253年，忽必列率领蒙古大军平定大理，伊斯兰教开始传入云南。后来，忽必列派赛典赤·嶦思丁任云南平章政事（1274——1279），嶦思丁在昆明创建了12所清真寺。

　　现在，伊斯兰教在云南全省均有分布，主要在昆明、玉溪、红河、文山、大理、曲靖等州市，为回族、和部分傣族、白族、藏族、壮族群众所信仰。信教群众约50多万人。云南伊斯兰教的典籍丰富。著名的云南木刻版《古兰经》是清光绪二十一年（1895年），由经学大师马联元主持刊刻的，1984年又加校勘重印，是中国伊斯兰教文化的珍贵遗产。云南籍穆斯林学者马坚通译的《古兰经》在中国也流传甚广。这两部经书均享誉海内外。

　　云南伊斯兰教历史上分为老教、新教和新新教3个教派。老教分布最广、人数最多，它吸收儒家思想较多，所倡行的“中阿并授”式的经堂教育在全国独具特点。经堂教育是中国伊斯兰教历史上一种在清真寺内附设学校的宗教教育。

　　云南清真寺的分布与回族大分散、小聚居的状况相适应。云南的清真寺除有的具有阿拉伯风格外，大多为典型的中国庙宇式建筑，是伊斯兰文化和汉族、傣族、藏族、白族等云南各民族文化有机结合的建筑艺术形式。云南沙甸清真寺是全省最大的清真寺，可容纳4000多人礼拜。清末民初沙甸一些穆斯林学者作为我国首批赴埃及的留学生，到开罗爱资哈尔大学深造。云南沙甸到麦加圣地朝圣者也多达百人。因此，沙甸有“滇南小麦加”之称。

　　圣纪节、开斋节和古尔邦节是伊斯兰教的三大节日。